Změnit instituci

Centrální laboratoř Kryo-elektronová mikroskopie a tomografie

     PŘÍSTUP DO REZERVAČNÍHO SYSTÉMU pro neregistrované uživatele

     PŘÍSTUP DO REZERVAČNÍHO SYSTÉMU pro registrované uživatele

Head of Core Facility
Researcher ID
Telefon: +420 54949 3893
E-mail:
Kancelář:

Hlavní činnost

Moderní elektronová mikroskopie biologických vzorků se ve strukturní biologii provádí na buněčné a molekulární úrovni pomocí 3D kryo-elektronové mikroskopie a kryo-elektronové tomografie, kdy vzorky jsou prudce zamraženy a tak uchovány blízko jejich přirozeném stavu. Kryo-elektronová tomografie (kryo-ET) je jediná metoda umožňující studium pleiomorfických struktur, jako jsou buňky a buněčné organely, zatímco kryo-elektronová mikroskopie (kryo-EM) se používá pro určení struktury jednotlivých částic, především větších makromolekulárních komplexů, které byly izolovány a vyčištěny pomocí biochemických metod. Obě metody poskytují informace o buněčné a molekulární úrovni makromolekulárních komplexů jako kompletních funkčních celků, a proto jsou ideální pro detailní analýzu jejich struktury a funkce, zvláště v kombinaci s komplementárními moderními biochemickými metodami. Hlavní činnost sdílené laboratoře se soustředí (i) na aplikaci kryo-EM a kryo-ET na důležité biologické komplexy in vitro a in situ, (ii) implementaci vhodných a nejmodernějších postupů ve zpracování obrazu a 3D rekonstrukcích a (iii) optimalizaci metod přípravy biologických kryo-vzorků.

Jedinečné vlastnosti

Hlavním cílem sdílené laboratoře je vytvořit centrum pro kryo-elektronovou mikroskopii na světové úrovni, které by bylo přístupné jak pro interní, tako pro externí uživatele. Centrum bude poskytovat přístup ke špičkovému přístrojovému vybavení pro kryo-EM, které je schopné automatické a vysokokapacitní kolekce dat pro 3D rekonstrukce purifikovaných komplexů, a pro kryo-ET buněčných a pleiomorfních struktur. Centrum bude dále poskytovat asistenci externím uživatelům / spolupracovníkům při zpracování obrazového materiálu (např. 3-D rekonstrukce, denoising, identifikace 3D molekul, segmentace, vizualizace). Projekty externích uživatelů budou vybírány formou peer review na základě vědecké kvality, technické vhodnosti a proveditelnosti. Centrum bude rovněž nabízet školení umožňující specialistům z jiných oborů získat potřebné schopnosti v analýze dat. Špičkové přístrojové vybavení a tým zkušených výzkumných pracovníků budou zárukou služeb na vysoké odborné úrovni, kvalitního školení i nákladově efektivního využívání zdrojů.

Základní přístrojové vybavení (sdílená laboratoř je v plném provozu od roku 2014)

  • Mikroskop TEM FEI Titan Krios vybavený přímým detektorem FEI Falcon II a energetickým filtrem GIF s 4k CCD kamerou

  • Mikroskop TEM FEI Tecnai F20 vybavený kamerou 4k CCD a dvěma kryo-držáky 

  • Mikroskop SEM/FIB FEI Versa3D vybavený kryo-komorou Quorum pro manipulaci s kryo-vzorky

  • Vitrifikační robot FEI Vitrobot Mk. IV 

  • Doutnavý výboj pro hydrofilizaci EM mřížek a uhlíková naprašovačka

Sdílená laboratoř je součástí českého národního přidruženého centra INSTRUCT. 

Všechny sdílené laboratoře CEITEC jsou k dispozici externím uživatelům (z akademického prostředí i z firem). Čeští i zahraniční výzkumníci z univerzit a výzkumných institucí, kteří mají zájem o získání přístupu do sdílených laboratoří, mohou využít podpory z výzkumné infrastruktury CIISB, financované Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR. Zahraniční vědci mohou využít výhod projektu iNext.

msmt  logo_CIISB_small

seznam / vizitky

Jméno a pozice

E-mail

Telefon

Mgr. Jiří Nováček, Ph.D.
Vedoucí sdílené laboratoře
+420 54949 3893
Ing. Miroslav Peterek
Odborný pracovník
+420 54949 7578
Dr. Tanvir Shaikh
Výzkumný pracovník
+420 54949 7577
Mgr. Miroslav Jurásek
PhD student
+420 54949 2524
Mgr. Bc. Lukáš Sukeník
PhD student
+420 54949 2524
Mgr. Michal Babiak
Odborný pracovník
+420 54949 3431

VYBRANÉ PUBLIKACE

2017

  • HLAVACEK, A; PETEREK, M; FARKA, Z; MICKERT, MJ; PRECHTL, L; KNOPP, D; GORRIS, HH, 2017:Rapid single-step upconversion-linked immunosorbent assay for diclofenac. MICROCHIMICA ACTA 184 (10), p. 4159 - 4165.
  • CHAMRADOVA, I; VOJTOVA, L; CASTKOVA, K; DIVIS, P; PETEREK, M; JANCAR, J, 2017:The effect of hydroxyapatite particle size on viscoelastic properties and calcium release from a thermosensitive triblock copolymer. COLLOID POLYM SCI 295 (1), p. 107 - 115.
  • JANSEN, S; MELKOVA, K; TROSANOVA, Z; HANAKOVA, K; ZACHRDLA, M; NOVACEK, J; ZUPA, E; ZDRAHAL, Z; HRITZ, J; ZIDEK, L, 2017:Quantitative mapping of microtubule-associated protein 2c (MAP2c) phosphorylation and regulatory protein 14-3-3 zeta-binding sites reveals key differences between MAP2c and its homolog Tau. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 292 (16), p. 6715 - 6727.
  • JURASEK, M; VACHA, R, 2017:Self-assembled clusters of patchy rod-like molecules. SOFT MATTER 13 (41), p. 7492 - 7497.
  • LOUSA, P; NEDOZRALOVA, H; ZUPA, E; NOVACEK, J; HRITZ, J, 2017:Phosphorylation of the regulatory domain of human tyrosine hydroxylase 1 monitored using non-uniformly sampled NMR. BIOPHYSICAL CHEMISTRY 223 , p. 25 - 29.
  • SKUBNIK, K; NOVACEK, J; FUZIK, T; PRIDAL, A; PAXTON, RJ; PLEVKA, P, 2017:Structure of deformed wing virus, a major honey bee pathogen. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 114 (12), p. 3210 - 3215.
  • STYSKALIK, A; BABIAK, M; MACHAC, P; RELICHOVA, B; PINKAS, J, 2017:New Adamantane-like Silicophosphate Cage and Its Reactivity toward Tris(pentafluorophenyl)borane. INORGANIC CHEMISTRY 56 (17), p. 10699 - 10705.

2016

  • AMARO, M; SACHL, R; AYDOGAN, G; MIKHALYOV, I; VACHA, R; HOF, M, 2016:The role of ganglioside GM1 and sphingomyelin in the oligomerisation of beta-amyloid at physiological conditions: a single molecule study. FEBS JOURNAL 283 , p. 71 - 71.
  • AMARO, M; SACHL, R; AYDOGAN, G; MIKHALYOV, II; VACHA, R; HOF, M, 2016:GM(1) Ganglioside Inhibits beta-Amyloid Oligomerization Induced by Sphingomyelin. ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 55 (32), p. 9411 - 9415.
  • CUNDERLOVA, V; HLAVACEK, A; HORNAKOVA, V; PETEREK, M; NEMECEK, D; HAMPL, A; EYER, L; SKLADAL, P, 2016:Catalytic nanocrystalline coordination polymers as an efficient peroxidase mimic for labeling and optical immunoassays. MICROCHIMICA ACTA 183 (2), p. 651 - 658.
  • GRAF M; ARENZ S; HUTER P; DÖNHÖFER A; NOVÁČEK J; WILSON DN, 2016:Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions. NUCLEIC ACIDS RESEARCH , p. [Epub ahead of print] - .
  • KUBICEK, K; KREJCIKOVA, M; BRAZDA, P; SMIRAKOVA, E; NOVACEK, J; CRAMER, P; STEFL, R, 2016:What are the key aspects of interaction between RNA polymerase II C-terminal domain phosphorylated on tyrosine-1 and the elongation factors. FEBS JOURNAL 283 , p. 21 - 21.
  • MULLAPUDI E; NOVÁČEK J; PÁLKOVÁ L; KULICH P; LINDBERG AM; VAN KUPPEVELD FJ; PLEVKA P, 2016:Structure and genome release mechanism of human cardiovirus Saffold virus-3. JOURNAL OF VIROLOGY , p. [Epub ahead of print] - .
  • MULLAPUDI, E; NOVACEK, J; PALKOVA, L; KULICH, P; LINDBERG, AM; VAN KUPPEVELD, FJM; PLEVKA, P, 2016:Structure and Genome Release Mechanism of the Human Cardiovirus Saffold Virus 3. JOURNAL OF VIROLOGY 90 (17), p. 7628 - 7639.
  • NOVÁČEK J; ŠIBOROVÁ M; BENEŠÍK M; PANTŮČEK R; DOŠKAŘ J; PLEVKA P, 2016:Structure and genome release of Twort-like Myoviridae phage with a double-layered baseplate. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113 (33), p. 9351 - 6.
  • RUBIO-MARRERO, EN; VINCELLI, G; JEFFRIES, CM; SHAIKH, TR; PAKOS, IS; RANAIVOSON, FM; VON DAAKE, S; DEMELER, B; DE JACO, A; PERKINS, G; ELLISMAN, MH; TREWHELLA, J; COMOLETTI, D, 2016:Structural Characterization of the Extracellular Domain of CASPR2 and Insights into Its Association with the Novel Ligand Contactin1. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 291 (11), p. 5788 - 5802.
  • SHASMAL, M; DEY, S; SHAIKH, TR; BHAKTA, S; SENGUPTA, J, 2016:E. coli metabolic protein aldehyde-alcohol dehydrogenase-E binds to the ribosome: a unique moonlighting action revealed. SCIENTIFIC REPORTS 6

PROJEKTY

  • iNEXT - Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research (653706), H2020 - Excellent science - Research Infrastructures, 2015 - 2019
  • CIISB4HEALTH - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii pro lidské zdraví (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776), MEYS, 2017 - 2021
  • CIISB - České centrum pro integrativní strukturní biologii (LM2015043), MEYS, 2016 - 2019
  • RIAT-CZ (ATCZ40), Interreg CZ-AT, 2016 - 2018
Filter
Filtr

Equipment Research group / CF Profile card
SEM/FIB microscope FEI Versa3D equipped with a Quorum cryo stage and transfer station SEM/FIB microscope FEI Versa3D equipped with a Quorum cryo stage and transfer station
CF: Core Facility Cryo-Electron Microscopy and Tomography
Transmission electron microscope 200 kV Transmission electron microscope 200 kV
CF: Core Facility Cryo-Electron Microscopy and Tomography
Transmission electron microscope 300 kV Transmission electron microscope 300 kV
CF: Core Facility Cryo-Electron Microscopy and Tomography
Vitrification robot Vitrification robot
CF: Core Facility Cryo-Electron Microscopy and Tomography
Přečtěte si také
Lecture: Tuning the Membrane Elasticity by the Ionic Strength of Surrounding Media

22. listopadu 2017 14:00

Lecture: Tuning the Membrane Elasticity by the Ionic Strength of…

SPEAKER: Dr. Suzana Šegota, Ruđer Bošković Institute, Croatia TOPIC: Tuning the membrane elasticity by the ionic strength of surrounding media …

Studenti a mladí vědci se vzdělávali v pokročilé mikroskopii na kurzu Talking Colors: Advanced Microscopy

14. listopadu 2017 22:22

Studenti a mladí vědci se vzdělávali v pokročilé mikroskopii na kurzu…

V rámci veřejných přednášek v původním domově otce genetiky Johana Gregora Mendela - Mendelově muzeu v Brně v České republice byli naši mladí…