Úspěch v mezinárodní soutěži zaznamenal nový software z CEITECu. Slouží k vývoji léčiv

15. května 2018

Sdílet na Facebooku Sdílet na Twitteru

Tisková zpráva, Brno, 5.5.2018;

V softwarové soutěži D3R Grand Challenge, zaměřené na hledání řešení pro snižování nákladů při vývoji léčiv, se podařilo uspět Thomasovi Evangelidisovi. A to i přesto, že čelil konkurenci vícečlenných týmů z akademické i průmyslové sféry. Jeho software pro optimální návrh léčiv nazvaný "ScaffOpt" předpovídá afinitu kandidátského ligandu a jeho způsobu interakce s cílovým proteinem tak, aby podpořil racionální návrh léčiv (škála počítačových technik, které mají za cíl napomoci s výběrem látek pro biologické testování).

Cílem softwarových řešení v oblasti vývoje léčiv je neustálé snižování nákladů,“ vysvětluje Thomas Evangelidis ze skupiny Kostase Tripsianese. „Můj software byl velmi dobře hodnocen a dokonce se zařadil v různých kategoriích mezi čtyři nejlepší," doplňuje Evangelidis.

Ostatní zúčastněné týmy používaly zavedený software a mnohé z nich vyžadovaly zásah výzkumníka. Thomas Evangelidis z CEITECu naopak prezentoval na soutěži výsledek vlastní práce a představil zde nový, plně automatizovaný software. ScaffOpt využívá metodu strojového učení pro sestavování modelu "specifického pro receptor", který kombinuje výstup několika umělých neuronových sítí a odhaduje vázanou vazbu protein–ligand. Každá síť využívá informací o farmakoforech, 2D chemické struktuře, molekulárním tvaru, vzorech interakce s receptorem nebo o podílu energie bez obsahu zbytku na vazbě ligandu.

Software ScaffOpt je stále ve vývoji a bude podrobně popsán v připravované publikaci.

Výsledky ze všech čtyř kategorií k dispozici zde:

ZDE, ZDE, ZDE a ZDE